Outil de capture de gènes au service du diagnostic biomédical

Contexte

Malgré les avancées en génie génétique, l'exploration fine des méta-génomes demeure aujourd’hui difficile. La chute des coûts de séquençage indique que ce n’est plus la dépense mais bien la qualité des échantillons qui représente le point de blocage pour de nombreux projets. En diagnostic biomédical, les agents pathogènes microbiens sont un problème de santé publique. Leurs génomes sont généralement très petits par rapport à ceux de leur hôte humain. Par conséquent, même un faible nombre de cellules nucléées présentes dans des échantillons issus de patients infectieux peut conduire à une sous-représentation en ADN pathogène par rapport à l'ADN humain hôte. Les méthodes existantes pour traiter la contamination par l'ADN hôte dans les échantillons infectieux requièrent généralement beaucoup de temps, d'argent et/ou une manipulation particulière au moment de leur collecte.

Technologie

Méthode diagnostique de capture de gènes par hybridation en solution permettant l'enrichissement en séquences d'ADN pathogènes au sein d’échantillons cliniques infectieux dominés par du matériel génétique humain. Cette méthode est basée sur une conception originale de sondes oligonucléotidiques ciblant des facteurs de virulence.

Bénéfices

● Sondes exploratoires permettant la capture d’environnements génétiques inconnus et la mise en évidence de nouvelles associations de gènes
● Reconstruction facilitée de grandes régions géniques (opérons, plasmides, chromosomes) à partir d’une courte séquence nucléotidique
● Accès aux génomes présents en faible quantité dans les échantillons
● Augmentation de la sensibilité/spécificité de la capture de gènes
● Concentration de l’effort de séquençage